西郷隆盛（藤本隆宏）を中心とする新政府軍が江戸へ入ったため、対する徳川家に仕えていた旧政府軍（旗本たち）は「彰義隊」を名乗って上野に集まり、反旗を翻す機会を伺っていた。そんな時局の中、橘恭太郎（小出恵介）は勝海舟（小日向文世）からフランスへの留学を推薦されるも、坂本龍馬（内野聖陽）暗殺のきっかけを作ってしまったこと、そして今後旗本としての自らの進むべき道を悩んでいた。 一方、体調が悪化するばかりの南方仁（大沢たかお）は、松本良順（奥田達士）から江戸が総攻撃にあった際の医学所への指図を頼まれる。仁は、自らに残された時間を意識し、持っている医学の知識を残さず『仁友堂』の医師たちに引き継ごうとしていた。そしてついに明日、新政府軍が「彰義隊」を名乗る旧政府軍に攻撃を仕掛けると聞いた恭太郎は、ある決意を下す。それを知った仁、橘咲（綾瀬はるか）らは…。 歴史が大きく渦巻く中、仁を待ち受ける結末とは！？ そして南方仁は、現代に戻ることができるのか！？